Auditoría en Salud tiene como función principal garantizar mediante procesos de auditoría médica, odontológica y financiera la evaluación retrospectiva y sistemática de la atención médica, mediante el análisis de los registros clínicos y financieros, de los servicios médicos y hospitalarios y bienes adquiridos por los afiliados y beneficiarios del subsistema de salud de las fuerzas militares; con el fin de optimizar y controlar los recursos asignados tomando como base la normatividad vigente en salud.